„Akte X“ trifft auf „Men in Black“: willkommen in dem verworrenen Netz aus geheimnisvollen und mysteriösen Ereignissen in Roswell, New Mexiko. Die Wüstenstadt ist das Hauptquartier einer Geheimorganisation, die sich Allianz nennt. Die Mitglieder sind u.a. Nick Logan, der eigentlich nach seinem verschwunden Vater sucht, Sh’lainn Blaze, eine Außerirdische die auf der Seite der Menschen kämpft, Fitz, ein Ex-CIA-Agent und Ti-Yet, ein Wächter der Yeti. Ihr gemeinsames Ziel ist die Rettung der Menschheit. Einst hatte die internationale Organisation einen UFO-Absturz inszeniert, um von der Wahrheit abzulenken. Denn seit langem leben bereits Aliens unter den Menschen und haben die Gesellschaft infiltriert um die Weltherrschaft an sich zu reißen. Die Allianz kämpft mit allen Mitteln gegen diese Absichten.